กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เป็นหน่วยงานภาครัฐที่มีโครงสร้าง ภายใต้การปฏิรูประบบราชการ ตามพระราชบัญญัติปรับปรุง กระทรวง ทบวง กรม
พ.ศ. 2545 พ.ศ. 2545 ตั้งแต่วันที่ 2 ตุลาคม 2545 กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ได้มีการแบ่งส่วนราชการระดับกรมหรือเทียบเท่า จำนวน 11 หน่วยงาน และองค์กรในกำกับ 5 องค์กร

ท่านสามารถเข้าชมเว็บไซต์ของหน่วยงานต่าง ๆ ผ่านการเชื่อมโยงผ่าน ภาพโครงสร้างหรือชื่อหน่วยงาน

• สำนักงานรัฐมนตรี
• สำนักงานปลัดกระทรวง
• สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
• กรมควบคุมมลพิษ
• กรมป่าไม้
• กรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม
• กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช
• กรมทรัพยากรธรณี
• กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
• กรมทรัพยากรน้ำ
• กรมทรัพยากรน้ำบาดาล
  

• องค์การจัดการน้ำเสีย
• องค์การสวนสัตว์
• องค์การสวนพฤกษศาสตร์
• บริษัทไม้อัดไทย
• องค์การอุตสาหกรรมป่าไม้